1944 m. - 1946 m. partizanai stodavo į atviras kautynes su Raudonos armijos, MGB, stribų daliniais. Kovose žuvo apie 10 tūkst. partizanų. 1946 m. - 1948 m. miškuose buvo apie 4 tūkst. kovotojų už Lietuvos laisvę. Šio etapo metu buvo atkurti koordinaciniai ryšiai tarp atskirų Lietuvos partizanų apygardų, tačiau judėjimo vadovybė skaudžiai nukentėjo dėl MGB agento J. Markulio-Erelio ardomosios veiklos. Vis dėlto J. Markulis gan greitai buvo demaskuotas.
1945 m. rugsėjo 16 d. Marijampolės vls. Skardupių k. klebonijoje Tauro apygardoje įvyko steigiamasis Lietuvos išlaisvinimo komiteto (LIK) posėdis. Jame dalyvavo plk. L. Butkevičius-Luobas, kpt. L. Taunys-Kovas, kun. A. Ylius-Vilkas, ltn. V. Bacevičius-Vygandas, J. Pileckis-Brokas; komiteto sudėtis: pirm. L. Butkevičius, pavad. L. Taunys ir A. Ylius, nariai - V. Bacevičius, J. Pileckis, V. Radzevičius. Iškeltas tikslas - sutelkti visas pogrindžio jėgas nepriklausomai Lietuvos valstybei atkurti. Parengtas atsišaukimas į Lietuvos visuomenę. Spalio mėnesį LIK, entuziastingai besiplėtodamas, patyrė stiprų smūgį - areštuoti vadovai, kurie vėliau buvo sušaudyti.
1946 m. lapkričio mėn. įvyko Tauro apygardos vadų posėdis, kuriame dalyvavo A. Baltūsis-Žvejys, TA polit. sk. virš. A. Vabalas-Gediminas, rinktinių vadai, J. Lukša ir J. Markulis. Pripažintas Vyriausiojo ginkluotųjų pajėgų štabo (VGPŠ) vadovavimas partizanų veiklai, numatyta sušaukti visų Lietuvos partizanų apygardų vadų suvažiavimą (1947 01 18), kur būtų patvirtinti Bendro demokratinio pasipriešinimo sąjūdžio (BDPS) ir Vyriausiojo Lietuvos atstatymo komitetas (VLAK)'o įkūrimo aktai. 1946 pab. VGPŠ būstinėje Vilniuje, Žygio g, įvyko 1-asis VGPŠ posėdis, kuriame BDPS atstovavo J. Markulis, VGPŠ - A. Kamarauskas-plk. Vytis, J. Lukša-Kazimieras, A. Zaskevičius-Tautvaiša; po posėdžio išleistas VGPŠ 1-asis įsakas, paruoštas J. Lukšos: patvirtintas Lietuvos padalinimas į 3 partizanų veiklos sritis ir patvirtinti jų vadai. 1946 gruodžio 28 d. sugretinę turimus faktus, J. Lukša, A. Zaskevičius ir B. Barzdžiukas suvokė, kad J. Markulis yra MGB agentas ir J. Lukša iš Vilniaus išvyko į TA pranešti apie J. Markulio išdavystę bei pavojų partizanų vadovybei.
1948 m. liepos 7-9 d. V. Vokietijos mieste Baden-Badene įvyko VLIK'o ir Lietuvos rezistencijos atstovų susitikimas, kuriame dalyvavo prof. J. Kaminskas, prel. M. Krupavičius, J. Brazaitis, V. Sidzikauskas, Tauro apygardos atstovas J. Lukša, Jonas Deksnys ir svečio teisėmis J. Pajaujis. Nutarta, kad Lietuvos laisvinimo kovai krašte vadovauja krašto rezistencijų apjungiąs organas, o užsienyje - VLIK'as ir ryšį tarp jų palaiko Lietuvos pogrindžio atstovas užsieniui. J. Deksnys įsipareigojo iki 1948 m. rugpjūčio 1 d. likviduoti BDPS užsienio delegatūrą. Vėliau J. Deksnys įkūrė Lietuvos rezistencinę santarą (LRS), kuri pretendavo atstovauti krašto pasipriešinimui užsienyje.
1945 m. rugsėjo 16 d. Marijampolės vls. Skardupių k. klebonijoje Tauro apygardoje įvyko steigiamasis Lietuvos išlaisvinimo komiteto (LIK) posėdis. Jame dalyvavo plk. L. Butkevičius-Luobas, kpt. L. Taunys-Kovas, kun. A. Ylius-Vilkas, ltn. V. Bacevičius-Vygandas, J. Pileckis-Brokas; komiteto sudėtis: pirm. L. Butkevičius, pavad. L. Taunys ir A. Ylius, nariai - V. Bacevičius, J. Pileckis, V. Radzevičius. Iškeltas tikslas - sutelkti visas pogrindžio jėgas nepriklausomai Lietuvos valstybei atkurti. Parengtas atsišaukimas į Lietuvos visuomenę. Spalio mėnesį LIK, entuziastingai besiplėtodamas, patyrė stiprų smūgį - areštuoti vadovai, kurie vėliau buvo sušaudyti.
1946 m. lapkričio mėn. įvyko Tauro apygardos vadų posėdis, kuriame dalyvavo A. Baltūsis-Žvejys, TA polit. sk. virš. A. Vabalas-Gediminas, rinktinių vadai, J. Lukša ir J. Markulis. Pripažintas Vyriausiojo ginkluotųjų pajėgų štabo (VGPŠ) vadovavimas partizanų veiklai, numatyta sušaukti visų Lietuvos partizanų apygardų vadų suvažiavimą (1947 01 18), kur būtų patvirtinti Bendro demokratinio pasipriešinimo sąjūdžio (BDPS) ir Vyriausiojo Lietuvos atstatymo komitetas (VLAK)'o įkūrimo aktai. 1946 pab. VGPŠ būstinėje Vilniuje, Žygio g, įvyko 1-asis VGPŠ posėdis, kuriame BDPS atstovavo J. Markulis, VGPŠ - A. Kamarauskas-plk. Vytis, J. Lukša-Kazimieras, A. Zaskevičius-Tautvaiša; po posėdžio išleistas VGPŠ 1-asis įsakas, paruoštas J. Lukšos: patvirtintas Lietuvos padalinimas į 3 partizanų veiklos sritis ir patvirtinti jų vadai. 1946 gruodžio 28 d. sugretinę turimus faktus, J. Lukša, A. Zaskevičius ir B. Barzdžiukas suvokė, kad J. Markulis yra MGB agentas ir J. Lukša iš Vilniaus išvyko į TA pranešti apie J. Markulio išdavystę bei pavojų partizanų vadovybei.
1948 m. liepos 7-9 d. V. Vokietijos mieste Baden-Badene įvyko VLIK'o ir Lietuvos rezistencijos atstovų susitikimas, kuriame dalyvavo prof. J. Kaminskas, prel. M. Krupavičius, J. Brazaitis, V. Sidzikauskas, Tauro apygardos atstovas J. Lukša, Jonas Deksnys ir svečio teisėmis J. Pajaujis. Nutarta, kad Lietuvos laisvinimo kovai krašte vadovauja krašto rezistencijų apjungiąs organas, o užsienyje - VLIK'as ir ryšį tarp jų palaiko Lietuvos pogrindžio atstovas užsieniui. J. Deksnys įsipareigojo iki 1948 m. rugpjūčio 1 d. likviduoti BDPS užsienio delegatūrą. Vėliau J. Deksnys įkūrė Lietuvos rezistencinę santarą (LRS), kuri pretendavo atstovauti krašto pasipriešinimui užsienyje.